Узнайте о себе больше
с тестами Атлас
Купить тест

Ген APOE и коронавирусная инфекция

Ген APOE и коронавирусная инфекция

26 мая в Журнале геронтологии вышла статья, в которой говорится, что у людей с определенным вариантом гена APOE новая коронавирусная инфекция COVID-19 протекает тяжелее, чем у других.

Мы решили разобраться, так ли это и стоит ли верить этому исследованию.

Что мы знаем про ген APOE

Ген APOE дает инструкции по созданию белка, который вместе с жирами образует липопротеины. Они отвечают за упаковку холестерина и других жиров и их перенос в кровотоке от одних органов к другим.

Ген APOE связывают с риском развития болезни Альцгеймера. Согласно мета-анализу, в котором собрали все исследования на эту тему, люди с вариантом e4 этого гена имеют гораздо большую вероятность заболеть, чем люди с другими вариантами.

Образовательный блок
У каждого гена существует несколько вариантов. Это делает человека уникальным и отличным от других людей. Ген APOE находится на 19 хромосоме, которых в норме 2 копии — по одной от каждого родителя. Две копии этого гена могут быть иметь разные варианты, например на одной е3, на другой — е4. А могут быть и одинаковые — е4/е4. Наиболее распространенный вариант гена APOE — е3, далее идет е4, а затем е2.

Люди, которые унаследовали одну копию варианта е4 гена APOE, имеют повышенный риск развития заболевания. Однако те, кто унаследовал две таких копии (е4/е4), подвергаются еще большему риску. В генетическом тесте Атлас мы исследуем вариант гена APOE для подсчета риска развития болезни Альцгеймера.

Важно отметить, что люди с вариантом e4 гена APOE наследуют только повышенный риск, а не саму болезнь. Не у всех людей с болезнью Альцгеймера этот вариант гена, и не у всех людей, у которых e4, будет развиваться заболевание.

Что касается COVID-19, пока нет оснований утверждать, что варианты гена APOE влияют на тяжесть течения коронавирусной инфекции.

Что не так с новым исследованием

К методам исследования и его результатам есть несколько серьезных замечаний. Придется немного вспомнить статистику, но мы постараемся объяснить подробно и понятно.

Недостаточная статистическая значимость
Для принятия той или иной гипотезы у нее должен быть определенный уровень значимости (p-значение, p-value). Общепринятый порог уровня значимости для генетических взаимосвязей составляет 5×10-8. К находкам с меньшим уровнем значимости стоит относится осторожно из-за высокого риска ложно-положительного результата.

Образовательный блок
Порог уровня значимости 5×10-8 применяется в полногеномных исследованиях, когда анализируется несколько миллионов вариантов генов одновременно. Дело в том, что чем больше гипотез мы проверяем, тем выше вероятность обнаружения ложно-положительных связей. Чтобы снизить эту вероятность, вводят так называемую поправку на множественное тестирование, при которой порог для p-значения снижается с 0,05 (стандарт) до 5×10-8.

Эксперты Атласа считают, что такой порог должен применяться для всех генетических исследований, а не только полногеномных. Дмитрий Никогосов, врач-генетик, биоинформатик, руководитель отдела аналитики Атлас:

При поиске ассоциаций между каким-либо заболеванием и генетическими вариантами, следует использовать строгий критерий для отсеивания ложно-положительных находок. От этого зависит точность прогноза риска, а значит — здоровье человека.

Авторы исследования о связи варианта гена APOE и тяжести течения коронавирусной инфекции получили p-значение равное 1,19×10-6, что не дотягивает до требуемого. Если бы проводился поиск связи между вариантами генов и тяжестью инфекции по всему геному, то велика вероятность, что в таком случае авторы получили бы точно такое же p-значение для гена APOE, а также нашли бы несколько тысяч вариантов в других генах и на других хромосомах с p-значением в диапазоне от 1×10-7 до 1×10-6 (не дотягивающим до порогового).

Неверный дизайн исследования
Исход исследования во многом зависит от того, как оно было спроектировано: какие группы людей участвовали, какие критерии включения использовались, как происходил анализ данных. В данном случае, мы обратили внимание на критерии, по которым исследователи относили людей к группам с легко и тяжело протекающим COVID-19.

Исследование было проведено на данных британского биобанка (UK Biobank). Это большая база данных с информацией о диагнозах, анализах и генетике для 500 000 человек. 16 апреля 2020 года биобанк разослал всем научным группам и организациям, которые сотрудничают с ними, данные с результатами теста на SARS-CoV-2 — возбудителя COVID-19. Данные были только для 1 474 человек из 500 000.

Исследователи изучали связь между вариантом гена APOE и вероятностью положительного теста на коронавирусную инфекцию, но не связь с легкой или тяжелой формой.

Мы знаем эти подробности, потому что сотрудничаем с биобанком и анализировали новые данные по COVID-19. Расскажем об этом подробнее после публикации нашей статьи в научном журнале. Из 1 474 протестированных на вирус людей тест показал положительный результат примерно у половины.

Для повышения качества данных авторы ввели дополнительные критерии для отбора и оставили для исследования 622 человека. Их исследователи отнесли в группу тяжелого течения инфекции. Остается сформировать вторую группу с легкой формой инфекции, чтобы сравнить генетические различия между группами и найти те, которые связаны с тяжестью течения.

Исследователи отнесли к группе с легким течением тех, у кого тест был отрицательным, и тех, кто не проходил тестирование. По сути авторы исследования изучали связь между вариантом гена APOE и вероятностью положительного теста на коронавирусную инфекцию, но не связь с легкой или тяжелой формой.

Британский биобанк предупреждает на сайте о том, что положительные результаты тестов не обязательно указывают на тяжелое заболевание, так как тестирование стало широко доступным. Для людей с легкой формой в том числе. Они также указывают, что для оценки тяжести заболевания следует использовать данные медицинских карт, а не только результаты тестов.

4 июля авторы исследования выпустили новую работу о связи вариантов гена APOE и смертностью от коронавирусной инфекции. Они использовали тот же дизайн исследования и подвердили связь.

Как должно выглядеть исследование

На взгляд наших экспертов, чтобы получить данные для каких-либо однозначных выводов, необходимы следующие шаги:

  1. Собрать группу тех, кто прошел тест на наличие SARS-CoV-2.
  2. Отобрать только положительные случаи.
  3. Отнести к группе с тяжелым течением тех, кто был госпитализирован, а к группе с легким течением тех, кто не был. В биобанке уже есть данные о госпитализации по поводу COVID-19.
  4. Искать генетические различия между этими двумя группами.

Журнал геронтологии опубликовал комментарий с замечаниями по исследованиям нашей научной команды. Мы надеемся, что наша работа поможет ученым оценить результаты научной статьи с разных сторон.


Итог

С тяжестью протекания коронавирусной инфекции и смертностью пока достоверно не связан ни один генетический вариант. Во всяком случае надежных публикаций на эту тему наши эксперты не нашли.


Ася Попова
Ася Попова Медицинский редактор, фанат генетики
Купить тест
Заботиться
о здоровье просто.
Вместе с Атлас.
Купить тест

Избранные темы

ДНК
12 статей
Микробиота
12 статей
Питание
6 статей
Образ жизни
4 статей
Новости
3 статей
Спорт
2 статей
Гайдлайны
2 статей
Отношения
1 статья